Di tích nằm trên cánh đồng Óc Eo, nằm cách kiến trúc Gò Cây Thị A khoảng 22m về hướng bắc. Đây là một gò đất hình bầu dục rộng khoảng 300m2, cao ở phía đông-đông nam, dốc ở phía tây-tây bắc, cao khoảng 1,5m so với mặt ruộng xung quanh.
Năm 1928, các nhà nghiên cứu người Pháp đã phát hiện tượng thần Vishnu tại địa điểm “Gò Chôn Của” (nay là Gò Cây Thị B). Năm 1944, nhà khảo cổ học Louis Malleret trong khi khai quật di tích Gò Cây Thị đã ghi nhận về sự tồn tại của một kiến trúc thứ hai nằm trên “Gò Chôn Của” (hay “Hầm vàng”) về phía bắc của kiến trúc Gò Cây Thị A.
Cuộc khai quật năm 1999 tại di tích Gò Cây Thị B, làm xuất lộ cơ bản phần nền móng của một kiến trúc được xây dựng bằng gạch, đá trên nền gia cố đất đắp, có cấu trúc gồm 2 vòng tường như sau: vòng tường bên ngoài xây bằng gạch có bình đồ hình chữ nhật (16,70 x 10,4m), bẻ góc hai lần ở đầu mở cửa ở phía đông. Vòng tường trong hình chữ nhật khép kín xây bằng đá (10,08 x 6,7m).
Phần trung tâm của kiến trúc là một nền đất hình chữ nhật có kích thước 6,7 x 4,4m. Từ độ sâu 2,45m đến 2,90 là đất sét mịn, loang lổ màu xám đỏ, có tìm thấy một hiện vật tròn dẹt bằng thiếc, dạng như 3-4 đồng tiền dính vào nhau; ngoài ra còn tìm thấy hạt chuỗi mã não màu da cam, 03 hạt chuỗi thủy tinh màu xanh lá cây. Từ độ sâu 2,90m trở xuống là đất vô sinh màu xám vàng có nhiều lỗ phèn.
Những tư liệu mới thu thập được từ cuộc khai quật và đào thám sát trên diện rộng năm 2010 ở di tích Gò Cây Thị đã giúp xác định được cơ bản di tích Gò Cây Thị có hai loại hình di tích là di chỉ cư trú và di tích kiến trúc tôn giáo thuộc hai giai đoạn phát triển liên tục, có niên đại kéo dài từ thế kỷ I đến thế kỷ VII. Di tích được xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt vào năm 2012.
